AT2G29680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.911 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cell division control 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cell division control protein 6 (CDC6). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cell division control 6 (CDC6); INVOLVED IN: regulation of cell cycle, DNA replication; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CDC6, C-terminal (InterPro:IPR015163), Cell division control, Cdc6 (InterPro:IPR016314); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cell division control, Cdc6 (TAIR:AT1G07270.1); Has 1212 Blast hits to 1203 proteins in 331 species: Archae - 284; Bacteria - 0; Metazoa - 344; Fungi - 285; Plants - 98; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 201 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12689586..12692854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59844.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 539 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAIAGPSSS PQKHVVGSRS ESIGGVRSAE VNTSRKRKLI SDSAAEVSAT VVLPVNSIST PMKWKSPRRC AVSIPKTSDE EIKEDSNEKL ENPVISVCLE 101: VKSKWNPKDD EQMKAVKEAL HVSKAPSTVV CREDEQRRVF EFVKGCMEQK KAGSLYICGC PGTGKSLSME KVRLQAEEWA KQAGLHCPET VSVNCTSLTK 201: STDIFSKILG NYESGKKANG SFSPLQQLQR LFSQKQQQSR SKMMLIIADE MDYLITRDRG VLHELFMLTT LPLSRCILIG TVFCVINVHF LKSVSYGQTS 301: FKFKVRICPP GVANAIDLAD RFLPKLKSLN CKPLVVTFRA YSKDQILRIL QERLVALPFV AFQSNALEIC ARKVSAASGD MRKALCVCRS ALEILEIEVR 401: GSIDQEPKGP VPECQVVKMD HMIAALSKTF KSPIVDTIQS LPQHQQIIVC SAAKAFRGSK KDRTIAELNK LYLEICKSSM ITPAGITEFS NMCTVLNDQG 501: ILKLSLARDD KLKRVSLRVD EADITFALKE IRFFRNCLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)