AT2G29130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : laccase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative laccase, knockout mutant had reduced root elongation under PEG-induced dehydration | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
laccase 2 (LAC2); FUNCTIONS IN: laccase activity; INVOLVED IN: response to water deprivation; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Multicopper oxidase, type 3 (InterPro:IPR011707), Laccase (InterPro:IPR017761), Multicopper oxidase, type 2 (InterPro:IPR011706), Cupredoxin (InterPro:IPR008972), Multicopper oxidase, copper-binding site (InterPro:IPR002355), Multicopper oxidase, type 1 (InterPro:IPR001117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: laccase 17 (TAIR:AT5G60020.1); Has 9820 Blast hits to 8133 proteins in 1393 species: Archae - 28; Bacteria - 3936; Metazoa - 505; Fungi - 3408; Plants - 1575; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 368 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:12525189..12527699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63835.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 573 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTWVLNYLL VAFLFAISYN IDAASAGITR HYQFDIQLKN ITRLCKTKTI VTVNGKFPGP RVTAREGDNL QIKVVNHVSN NISIHWHGIR QLRSGWADGP 101: SYVTQCPIRM GQSYVYNFTV TGQRGTLWWH AHIQWMRATV YGPLIILPKL HQPYPFPKPY KQVPILFGEW FNADPQAVVQ QALQTGAGPN ASDAHTFNGL 201: PGPLYNCSTK DTYKLMVKPG KTYLLRLINA ALNDELFFTI ANHTLTVVEA DACYVKPFQT NIVLLGPGQT TNVLLKTKPI YPNATFYMLA RPYFTGQGTI 301: DNTTVAGILQ YQHHTKSSKN LSIIKPSLPP INSTSYAANF TKMFRSLASS TFPANVPKVV DKQYFFAIGL GTNPCPKNQT CQGPTNTTKF AASINNVSFI 401: LPNKTSLLQS YFVGKSKNVF MTDFPTAPII PFNYTGTPPN NTMVSRGTKV VVLKYKTTVE LVLQGTSILG IEAHPIHLHG FNFYVVGQGF GNFNPARDPK 501: HYNLVDPVER NTINIPSGGW VAIRFLADNP GVWLMHCHIE IHLSWGLTMA WVVLDGDLPN QKLLPPPSDF PKC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)