AT2G20130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.987 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : like COV 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
like COV 1 (LCV1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF502 (InterPro:IPR007462); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF502) (TAIR:AT2G20120.1); Has 2460 Blast hits to 2460 proteins in 579 species: Archae - 32; Bacteria - 1090; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1182 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8690614..8692234 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28380.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANRERDREL LIPVADFGDK DDGSSSKPSS SSSASSSHQS GHETLSLFIR GWASKKFMTG CVILLPIAVT FYTTWWFIHF VDGFFSPIYA LLGINIFGFG 101: FLTSIAFIFL VGVFMSSWLG ASVLNLGEWF IKRMPFVRHI YNASKQISTA ISPDQNTQAF KEVAIIRHPR VGEYAFGFIT STVVLQNYPT EEELCCVYVP 201: TNHLYIGDIL LVNSNDVIRP NLSVREGIEI VVSGGMSMPQ ILSTLDKPLA SIGNES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)