AT1G54490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : exoribonuclease 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in the ethylene response. XRN4 does not appear to regulate ethylene signaling via an RNA-INDUCED SILENCING COMPLEX-based RNA silencing mechanism but acts by independent means. Endogenous suppressor of posttranscriptional gene silencing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
exoribonuclease 4 (XRN4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 5'-3' exoribonuclease 2 (InterPro:IPR017151), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Putative 5-3 exonuclease (InterPro:IPR004859); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 5'-3' exoribonuclease 3 (TAIR:AT1G75660.1); Has 1935 Blast hits to 1539 proteins in 314 species: Archae - 0; Bacteria - 132; Metazoa - 355; Fungi - 561; Plants - 185; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 688 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20350300..20356650 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 107784.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 947 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVPAFYRWL ADRYPKSISD VVEEEPTDGG RGDLIPVDIT RPNPNGFEFD NLYLDMNGII HPCFHPEGKP APATYDDVFK SMFEYIDHLF TLVRPRKILY 101: LAIDGVAPRA KMNQQRSRRF RAAKDAAEAE AEEERLRKDF EMEGQILSAK EKAETCDSNV ITPGTPFMAI LSVALQYYIQ SRLNHNPGWR YVKVILSDSN 201: VPGEGEHKIM SYIRLQRNLP GFDPNTRHCL YGLDADLIML SLATHEVHFS ILREVITYPG QQEKCFVCGQ TGHFASDCPG KSGSNNAAAD IPIHKKKYQF 301: LNIWVLREYL QYELAIPDPP FMINFERIID DFVFLCFFVG NDFLPHMPTL EIREGAINLL MHVYRKEFTA MGGYLTDSGE VLLDRVEHFI QAVAVNEDKI 401: FQKRTRIKQS MDNNEEMKQR SRRDPSEVPP EPIDDKIKLG EPGYKERYYA EKFSTTNPEE TEQIKQDMVL KYVEGLCWVC RYYYQGVCSW QWFYPYHYAP 501: FASDLKNLPD LEITFFIGEP FKPFDQLMGT LPAASSNALP GEYRKLMTDP SSPILKFYPA DFELDMNGKR FAWQGIAKLP FIEEKLLLAA TRKLEETLTV 601: EEQQRNSVML DLLYVHPAHP LGQRILQYYH FYQHMPPHEC LPWMIDPNSS QGMNGFLWFS ERNGFQTRVD SPVNGLPCIE QNRALNVTYL CPAKHSHISE 701: PPRGAIIPDK ILTSVDIKPF PPLWHEDNSN RRRQARDRPQ VVGAIAGPSL GEAAHRLIKN TLNMKSSTGA ASGLIDPNGY YRNVPGNYSY GGVNRPRAPG 801: PSPYRKAYDD DSSYYYGKYN NSTQGTFNNG PRYPYPSNGS QDYNRNYNSK IVAEQHNRGG LGAGMSGLSI EDNGRSKQLY SSYTEAANAN LNPLPSPPTQ 901: WIGTQPGGNF VGGYYRDGVG YSETNGKSVK KVIYQAKTQP SHRGANL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)