AT1G18030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.923 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein phosphatase 2C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein phosphatase 2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNA-binding protein phosphatase 1 (TAIR:AT2G25620.1); Has 6093 Blast hits to 6074 proteins in 324 species: Archae - 4; Bacteria - 54; Metazoa - 1500; Fungi - 736; Plants - 2511; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1279 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:6204400..6206678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38488.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 351 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLEKESDLTA MEKPNNKHAA DSFSSEDLVS PVKKAKKSEE VSGGGEAVAA VGNREAEEDK PSFVSEEKKE FLVEADVAED KGARHTMEDV WVVLPDASLD 101: FPGTLRCAHF AIYDGHGGRL AAEFAKKHLH LNVLSAGLPR ELLDVKVAKK AILEGFRKTD ELLLQKSVSG GWQDGATAVC VWILDQKVFV ANIGDAKAVL 201: ARSSTTNELG NHTEAGNPLK AIVLTREHKA IYPQERSRIQ KSGGVISSNG RLQGRLEVSR AFGDRHFKKF GVSATPDIHA FELTERENFM ILGCDGLWEV 301: FGPSDAVGFV QKLLKEGLHV STVSRRLVKE AVKERRCKDN CTAIVIVFKR V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)