AT1G17980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : poly(A) polymerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a poly(A) polymerase. Located in the nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
poly(A) polymerase 1 (PAPS1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Poly(A) polymerase (InterPro:IPR014492), Poly(A) polymerase, central domain (InterPro:IPR007012), Nucleotidyltransferase, class I, C-terminal-like (InterPro:IPR011068), Nucleotidyl transferase domain (InterPro:IPR002934), Poly(A) polymerase, RNA-binding domain (InterPro:IPR007010); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear poly(a) polymerase (TAIR:AT4G32850.9); Has 815 Blast hits to 805 proteins in 221 species: Archae - 0; Bacteria - 17; Metazoa - 265; Fungi - 212; Plants - 181; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 140 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6187742..6191418 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80188.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 713 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASVQQNGQR FGVSEPISMG GPTEFDVIKT RELEKHLQDV GLYESKEEAV RREEVLGILD QIVKTWIKTI SRAKGLNDQL LHEANAKIFT FGSYRLGVHG 101: PGADIDTLCV GPRHATREGD FFGELQRMLS EMPEVTELHP VPDAHVPLMG FKLNGVSIDL LYAQLPLWVI PEDLDLSQDS ILQNADEQTV RSLNGCRVTD 201: QILRLVPNIQ NFRTTLRCMR FWAKRRGVYS NVSGFLGGIN WALLVARICQ LYPNALPNIL VSRFFRVFYQ WNWPNAIFLC SPDEGSLGLQ VWDPRINPKD 301: RLHIMPIITP AYPCMNSSYN VSESTLRIMK GEFQRGNEIC EAMESNKADW DTLFEPFAFF EAYKNYLQID ISAANVDDLR KWKGWVESRL RQLTLKIERH 401: FKMLHCHPHP HDFQDTSRPL HCSYFMGLQR KQGVPAAEGE QFDIRRTVEE FKHTVNAYTL WIPGMEISVG HIKRRSLPNF VFPGGVRPSH TSKGTWDSNR 501: RSEHRNSSTS SAPAATTTTT EMSSESKAGS NSPVDGKKRK WGDSETLTDQ PRNSKHIAVS VPVENCEGGS PNPSVGSICS SPMKDYCTNG KSEPISKDPP 601: ENVVAFSKDP PESLPIEKIA TPQAHETEEL EESFDFGNQV IEQISHKVAV LSATATIPPF EATSNGSPFP YEAVEELEVL PTRQPDAAHR PSVQQRKPII 701: KLSFTSLGKT NGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)