AT1G22310.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : methyl-CPG-binding domain 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Protein containing methyl-CpG-binding domain.Has sequence similarity to human MBD proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
methyl-CPG-binding domain 8 (MBD8); FUNCTIONS IN: methyl-CpG binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956), DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Methyl-CpG DNA binding (InterPro:IPR001739); Has 148 Blast hits to 124 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 54; Fungi - 5; Plants - 70; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:7881714..7883644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58672.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 524 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDGDLGNNH HNFLGGAGNR LSAESLPLID TRLLSQSELR ALSQCSSLSP SSSASLAASA GGDDDLTPKI DRSVFNESAG SRKQTFLRLR LARHPQPPEE 101: PPSPQRQRDD SSREEQTQVA SLLRSLFNVD SNQSKEEEDE GEEELEDNEG QIHYNSYVYQ RPNLDSIQNV LIQGTSGNKI KRKRGRPRKI RNPSEENEVL 201: DLTGEASTYV FVDKTSSNLG MVSRVGSSGI SLDSNSVKRK RGRPPKNKEE IMNLEKRDSA IVNISAFDKE ELVVNLENRE GTIVDLSALA SVSEDPYEEE 301: LRRITVGLKT KEEILGFLEQ LNGEWVNIGK KKKVVNACDY GGYLPRGWRL MLYIKRKGSN LLLACRRYIS PDGQQFETCK EVSTYLRSLL ESPSKNQHYY 401: LQSDNKTLGQ QPVIANESLL GNSDSMDSET MQYLESGRTS SEVFEEAKAV ENGNEADRVK TSLMQKDDNA DFLNGVEDND DDMKKRDGNM ENLATLSNSE 501: MTKSLPTTTN ELQQYFSSQI NRVQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)