AT5G45710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : winged-helix DNA-binding transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Heat Stress Transcription Factor (Hsf) family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROOT HANDEDNESS 1 (RHA1); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding (InterPro:IPR000232); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: heat shock transcription factor A4A (TAIR:AT4G18880.1); Has 2389 Blast hits to 2362 proteins in 250 species: Archae - 2; Bacteria - 12; Metazoa - 420; Fungi - 490; Plants - 857; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 608 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:18541576..18542706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39649.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 345 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDENNGGSSS LPPFLTKTYE MVDDSSSDSV VAWSENNKSF IVKNPAEFSR DLLPRFFKHK NFSSFIRQLN TYGFRKVDPE KWEFLNDDFV RGRPYLMKNI 101: HRRKPVHSHS LVNLQAQNPL TESERRSMED QIERLKNEKE GLLAELQNQE QERKEFELQV TTLKDRLQHM EQHQKSIVAY VSQVLGKPGL SLNLENHERR 201: KRRFQENSLP PSSSHIEQVE KLESSLTFWE NLVSESCEKS GLQSSSMDHD AAESSLSIGD TRPKSSKIDM NSEPPVTVTA PAPKTGVNDD FWEQCLTENP 301: GSTEQQEVQS ERRDVGNDNN GNKIGNQRTY WWNSGNVNNI TEKAS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)