AT4G02330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATPMEPCRB; FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: endomembrane system, cell wall; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT1G02810.1); Has 2755 Blast hits to 2700 proteins in 321 species: Archae - 8; Bacteria - 597; Metazoa - 1; Fungi - 199; Plants - 1923; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:1032479..1034928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63947.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 573 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSLKLFLVT LFLSLQTLFI ASQTLLPSNS SSTICKTTPD PKFCKSVFPQ TSQGDVREYG RFSLRKSLTQ SRKFTRTIDR YLKRNNALLS QSAVGALQDC 101: RYLASLTTDY LITSFETVNI TTSSKTLSFS KADEIQTLLS AALTNEQTCL DGINTAASSS WTIRNGVALP LINDTKLFSV SLALFTKGWV PKKKKQVASY 201: SWAHPKNTHS HTKPFRHFRN GALPLKMTEH TRAVYESLSR RKLADDDNDV NTVLVSDIVT VNQNGTGNFT TITEAVNSAP NKTDGTAGYF VIYVTSGVYE 301: ENVVIAKNKR YLMMIGDGIN RTVVTGNRNV VDGWTTFNSA TFAVTSPNFV AVNMTFRNTA GPEKHQAVAM RSSADLSIFY SCSFEAYQDT LYTHSLRQFY 401: RECDIYGTVD FIFGNAAVVF QDCNLYPRQP MQNQFNAITA QGRTDPNQNT GISIHNCTIK PADDLVSSNY TVKTYLGRPW KEYSRTVFMQ SYIDEVVEPV 501: GWREWNGDFA LSTLYYAEYN NTGSGSSTTD RVVWPGYHVI NSTDANNFTV ENFLLGDGWM VQSGVPYISG LLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)