AT4G23810.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : WRKY family transcription factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of WRKY Transcription Factor; Group III | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WRKY53; FUNCTIONS IN: protein binding, DNA binding, transcription activator activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding WRKY (InterPro:IPR003657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WRKY family transcription factor (TAIR:AT4G11070.1); Has 3150 Blast hits to 2715 proteins in 122 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 3139; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:12392666..12393739 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36274.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGRDMLSWE QKTLLSELIN GFDAAKKLQA RLREAPSPSS SFSSPATAVA ETNEILVKQI VSSYERSLLL LNWSSSPSVQ LIPTPVTVVP VANPGSVPES 101: PASINGSPRS EEFADGGGSS ESHHRQDYIF NSKKRKMLPK WSEKVRISPE RGLEGPQDDV FSWRKYGQKD ILGAKFPRSY YRCTHRSTQN CWATKQVQRS 201: DGDATVFEVT YRGTHTCSQA ITRTPPLASP EKRQDTRVKP AITQKPKDIL ESLKSNLTVR TDGLDDGKDV FSFPDTPPFY NYGTINGEFG HVESSPIFDV 301: VDWFNPTVEI DTTFPAFLHE SIYY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)