AT2G39100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: leaf; EXPRESSED DURING: LP.04 four leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); Has 1875 Blast hits to 1873 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 654; Fungi - 156; Plants - 687; Viruses - 149; Other Eukaryotes - 229 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16317462..16318869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34426.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPPLPSSTAP SSSRHLRSPE SIAKFAGRAI FPALQGKSCP ICLENLTERR SAAVITVCKH GYCLACIRKW SSFKRNCPLC NTRFDSWFIV SDFASRKYHK 101: EQLPILRDRE TLTYHRNNPS DRRRIIQRSR DVLENSSSRS RPLPWRRSFG RPGSVPDSVI FQRKLQWRAS IYTKQLRAVR LHSRRLELSL AVNDYTKAKI 201: TERIEPWIRR ELQAVLGDPD PSVIVHFASA LFIKRLEREN NRQTGQTGML VEDEVSSLRK FLSDKVDIFW HELRCFAESI LTMETYDAVV EYNEVE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)