AT1G13570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.740 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein (TAIR:AT5G56370.2); Has 1866 Blast hits to 1838 proteins in 25 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1866; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4642528..4643930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47607.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 416 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGESPDFISD LPQSIIENIL TRLSIRDAIR TSVLSSKWRY KWSTLTDLVF DEKCVSPSND RCVVETNLVR FITGVLLLHQ GPIHKFQLST SFKQCRPDID 101: QWLLFLSRNG IKELVLKLGE GEFRVPACLF NCLKLTCLEL CHCEFDPPQY FKGFSYLKSL NLHQILVAPE VIESLISGCP LLEFLSLSYF DSLVLSISAP 201: NLMYLYLDGE FKDIFLENTP KLVAISVSMY MHEDVTDFEQ SSDYNLVKFL GGVPLLEKLV GYIYFTKYLS IGDDPGRLPL TYIHLKTIEL YQVCFEDADE 301: VLVLLRLVTH SPNLKELKVS ASPVQPFPLE EEGFDLFERD YFDYKLPSLE SVKITDASGI RYELEFIRFL LGTSPVLETV TVSSSLSDKD AKMDMVIELL 401: RYPRVSPRAQ LLFLQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)