AT5G66160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 ASURE: vacuole What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : receptor homology region transmembrane domain ring H2 motif protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a receptor homology region transmembrane domain, ring H2 motif protein involved in transport of storage proteins to protein storage vacuoles. Co-localizes with DIP positive vesicles. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
receptor homology region transmembrane domain ring H2 motif protein 1 (RMR1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: intracellular protein transport; LOCATED IN: extrinsic to vacuolar membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protease-associated PA (InterPro:IPR003137), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein (TAIR:AT1G71980.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:26445198..26446878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34431.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRLVVSSCLL VAAPFLSSLL RVSLATVVLN SISASFADLP AKFDGSVTKN GICGALYVAD PLDGCSPLLH AAASNWTQHR TTKFALIIRG ECSFEDKLLN 101: AQNSGFQAVI VYDNIDNEDL IVMKVNPQDI TVDAVFVSNV AGEILRKYAR GRDGECCLNP PDRGSAWTVL AISFFSLLLI VTFLLIAFFA PRHWTQWRGR 201: HTRTIRLDAK LVHTLPCFTF TDSAHHKAGE TCAICLEDYR FGESLRLLPC QHAFHLNCID SWLTKWGTSC PVCKHDIRTE TMSSEVHKRE SPRTDTSTSR 301: FAFAQSSQSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)