AT5G64760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : regulatory particle non-ATPase subunit 5B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of two isoforms for the 26S proteasome regulatory protein (RN) subunit RPN5. For many functions it acts redundantly with the paralogous genes RPN5a. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
regulatory particle non-ATPase subunit 5B (RPN5B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 26S proteasome regulatory subunit, putative (RPN5) (TAIR:AT5G09900.1); Has 840 Blast hits to 830 proteins in 229 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 302; Fungi - 291; Plants - 115; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 132 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25894027..25896445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51120.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 442 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEESRQLESS IDRLLNEEKQ MRLAENVAGT RKAATEILKL CFEAKDWKLL NEQILNLSKK RGQLKQAVQS MVQQAMQYID QTLDIETRIE LIKTLNNVAA 101: GKIYVEIERA RLTKMLAKIK EEQGLIAEAA DLMQEVAVET FGAMAKTEKI AFILEQVRLC LDQKDFVRAQ ILSRKINPRV FDADTTKEKK KPKEGENMVE 201: EAPADIPTLL VLKRIYYELM IRYYSHNNEY IEICRSYKAI YDIPSVKENP EQWIPVLRKI CWFLALAPHD PMQSSLLNAT LEDKKLSEIP DFKMLLKQIV 301: TMEVIQWTSL WNKYKDEFEN EKNMIGGSLG DKAGEDLKLR IIEHNILVVS KYYSRITFKR LAELLCLTTE EAEKHLSEMV VSKALIAKID RPSGIICFQI 401: VKDSNEILNS WATNLEKLLD LVEKSCHQIH KETMVHKVAL RA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)