AT1G53850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome alpha subunit E1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes alpha5 subunit of 20s proteosome involved in protein degradation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome alpha subunit E1 (PAE1); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex, cytosolic ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, alpha-subunit, conserved site (InterPro:IPR000426), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome alpha subunit E2 (TAIR:AT3G14290.1); Has 7954 Blast hits to 7950 proteins in 569 species: Archae - 901; Bacteria - 213; Metazoa - 2759; Fungi - 1863; Plants - 1012; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1206 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20104131..20105792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25948.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 237 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFLTRTEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEA IKLGSTAIGV KTKEGVVLAV EKRITSPLLE PSSVEKIMEI DDHIGCAMSG LIADARTLVE HARVETQNHR 101: FSYGEPMTVE STTQALCDLA LRFGEGEEES MSRPFGVSLL IAGHDENGPS LYYTDPSGTF WQCNAKAIGS GSEGADSSLQ EQFNKDLSLQ EAETIAVSIL 201: KQVMEEKVTP NNVDIAKVAP AYHLYTPQEV EAVIARL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)