AT1G75990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PAM domain (PCI/PINT associated module) protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PAM domain (PCI/PINT associated module) protein; FUNCTIONS IN: enzyme regulator activity; INVOLVED IN: protein catabolic process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome complex, plasma membrane, proteasome regulatory particle, lid subcomplex, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome component (PCI) domain (InterPro:IPR000717), PCI/PINT associated module (InterPro:IPR013143), 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal (InterPro:IPR013586); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PAM domain (PCI/PINT associated module) protein (TAIR:AT1G20200.1); Has 740 Blast hits to 739 proteins in 220 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 313; Fungi - 146; Plants - 168; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 113 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28524623..28526718 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55594.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 487 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTQDVEMKDN QTPTQSVVSA PTSTLQNLKE IAALIDTGSY TKEVRRIARA VRLTVGLRRK LTGSVISSFL DFALVPGSEA HTRLSSFVPK SDEHDMEVDT 101: ASSNSQAPPK HLPAELEIYC YFIVLLFLID QKKYNEAKVC STASIARLKS VNRRTVDVIA SKLYFYYSLS YELTNDLAEI RSTLLALHHS ATLRHDELGQ 201: ETLLNLLLRN YLHYNLYDQA EKLRSKAPRF EAHSNQQFCR YLFYLGKIRT IQLEYTDAKE SLLQAARKAP VASLGFRIQC NKWAIIVRLL LGEIPERSIF 301: TQKGMEKTLR PYFELTNAVR IGDLELFGKI QEKFAKTFAE DRTHNLIVRL RHNVIRTGLR NISISYSRIS LQDVAQKLRL NSANPVADAE SIVAKAIRDG 401: AIDATIDHKN GCMVSKETGD IYSTNEPQTA FNSRIAFCLN MHNEAVRALR FPPNTHREKE SEEKRREMKQ QEEELAKYMA EEDDDDF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)