AT4G14800.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 vacuole 0.500 ASURE: cytosol,vacuole What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : 20S proteasome beta subunit D2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 20S proteasome beta subunit PBD2 (PBD2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
20S proteasome beta subunit D2 (PBD2); FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome, beta-type subunit, conserved site (InterPro:IPR016050), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome beta subunit D1 (TAIR:AT3G22630.1); Has 3669 Blast hits to 3669 proteins in 441 species: Archae - 493; Bacteria - 47; Metazoa - 1152; Fungi - 905; Plants - 523; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 549 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:8500398..8502058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21985.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 199 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MECVFGLVGN GFAIVAADTS AVHSILLHKN KEDKIMTLDS HKLVAASGEP GDRVQFTEYV QKNVSLYQFR NGIPLSTAAA ANFTRGELAT ALRKNPYSVN 101: ILMAGYDKEA GASLYYIDYI ATLHKVDKGA FGYGSYFSLS TMDRHYRSDM SVEEAIELVD KCILEIRSRL VIAPPNFVIK IVDKDGAREY GWRISTADA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)