AT5G62090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SEUSS-like 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SEUSS-like 2 (SLK2); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SEUSS-like 1 (TAIR:AT4G25520.1); Has 38958 Blast hits to 16422 proteins in 905 species: Archae - 6; Bacteria - 1880; Metazoa - 14538; Fungi - 4050; Plants - 2632; Viruses - 363; Other Eukaryotes - 15489 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:24935221..24938540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90553.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 816 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSTSGIFF QGDDESQSFI NSHLTSSYGN SSNSAPGCGG PTGGYHNLSM VSGDMHNPVM MSVSTPGPSA GASSLVTDAN SGLSGGGPHL QRSASINNES 101: YMRLPASPMS FSSNNISISG SSVVDGSTVV QRHDPSVQLG GSSATSLPTS QTNQIPLSMA RRASESFFQD PNNLTQARKK PRLDSKQDDA LQQQILRQWL 201: QRQDILQQQQ QQQQQGQNPQ FQILLQQQKL RQQQQYLQSL PPLQRVQLQQ QQQVQQQQQL QQQHQQQQQQ LQQQGMQMQL TGGPRPYENS VCARRLMQYL 301: YHQRQRPSES SIVYWRKFVT EYFSPRAKKR WCLSHYDNVG HSALGVSPQA ATDEWQCDLC GSKSGRGFEA TFDVLPRLNE IKFASGVLDE LLYLGVPSER 401: RYGSGIMVLE YGKAVQESVY EHIRVVREGH LRIIFSQELK ILSWEFCTRR HEELLPRRLV APQVNQLLQV AEKCQSTIDQ SGSDGIHQQD LQANSNMVMA 501: AGRQLAKSLE SHSLNDLGFS KRYVRCLQIS EVVSSMKDMI DFCRDQKVGP IEALKSYPYR MKAGKPQMQE MEQLAAARGL PPDRNSLNKL MALRNSGINI 601: PMNNMSGQGS LPGSAQAAAF ALTNYQSMLM KQNHLNSDLN NTTIQQEPSR NRSASPSYQG TSPLLPGFVH SPSISGVSSH LSPQRQMPSS SYNGSTQQYH 701: QQPPSCSSGN QTLEQQMIHQ IWQQMANSNG GSGQQQQSLS GQNMMNCNTN MGRNRTDYVP AAAETPSTSN RFRGIKGLDQ SQNLEGIISN TSLNFGNNGV 801: FSNEVDESMG GYSWKS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)