AT5G60280.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Legume lectin, beta chain (InterPro:IPR001220), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Concanavalin A-like lectin/glucanase, subgroup (InterPro:IPR013320), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein (TAIR:AT3G45440.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:24260563..24262536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72392.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 657 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPGLDLIWM VISFLLLIHL SSQQETGFSF NGFRQGDLHV DGVAQILPGG LLRLTDTSEQ KKGHAFFRQP LVFNSSEPLS FSTHFVCAMV RKPGVTGGNG 101: IAFFLSPSMD LTNADATQYL GLFNTTTNRS PSSHIFAIEL DTVQSAEFDD IDNNHVGIDV NSLTSVESAP ASYFSDKKGL NKSISLLSGD SIQVWVDFDG 201: TVLNVSLAPL GIRKPSQSLI SRSMNLSEVI QDRMFVGFSA ATGQLANNHY ILGWSFSRSK ASLQSLDISK LPQVPHPKMK TSLLLILLLI VLGIILLVLL 301: VGAYLYRRNK YAEVREEWEK EYGPHRYSYK SLYKATKGFH KDGFLGKGGF GEVYKGTLPQ EDIAVKRFSH HGERGMKQFV AEIASMGCLD HRNLVPLFGY 401: CRRKGEFLLV SKYMPNGSLD QFLFHNREPS LTWSKRLGIL KGIASALKYL HTEATQVVLH RDIKASNVML DTDFTGKLGD FGMARFHDHG ANPTTTGAVG 501: TVGYMGPELT SMGASTKTDV YAFGALILEV TCGRRPVEPN LPIEKQLLVK WVCDCWKRKD LISARDPKLS GELIPQIEMV LKLGLLCTNL VPESRPDMVK 601: VVQYLDRQVS LPDFSPDSPG IGIVTPVLVG GSSTVISNIS SPVTEFITHS IQYGIGR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)