AT2G04430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.889 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 5 (NUDT5); FUNCTIONS IN: hydrolase activity; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase, conserved site (InterPro:IPR020084), Nudix hydrolase 6-like (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nudix hydrolase homolog 6 (TAIR:AT2G04450.1); Has 2931 Blast hits to 2929 proteins in 813 species: Archae - 33; Bacteria - 1829; Metazoa - 186; Fungi - 19; Plants - 157; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 693 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1538944..1541027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34295.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 302 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLTKNFAFL VFCCQRYCSM DGEAFEISLL DGEEDRFGGT VVNLMEVESM TIGDFDSKLD VSLKAWKDQG KKGIWIKLPS ELSSLVDTAI KKGFTYHHAE 101: NEYVMLTFWL PEPPSTLPCN ASHRIGIGAF VLNKNGEMLV VQENSGYFKD KNVWKVPTGT IKEGESIWAG AVREVKEETD IDAEFVEVLS FMESHQAVWQ 201: RKTDIFFVCE LEARTFEIQK QDSEIHAAKW MPVEEYVNQP YHNKEGNEMF KLIANICLKR SREKYTGFVL TTNSAKKSLY CSVDHANLLK ETADQASTSL 301: SD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)