AT5G53550.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : YELLOW STRIPE like 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
YELLOW STRIPE like 3 (YSL3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oligopeptide transporter OPT superfamily (InterPro:IPR004813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: YELLOW STRIPE like 2 (TAIR:AT5G24380.1); Has 1791 Blast hits to 1736 proteins in 561 species: Archae - 19; Bacteria - 890; Metazoa - 0; Fungi - 282; Plants - 448; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 151 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21756081..21758776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 74153.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 675 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSMMMEREG RNEIEREVID DLEETQNEGD DFKSIPPWKE QITFRGIVAS LIIGIIYSVI VMKLNLTTGL VPNLNVSAAL LAFVFLRSWT KLLTKAGIVT 101: KPFTKQENTV VQTCAVACYS IAVGGGFGSY LLGLNRITYE QSGGTHTDGN YPEGTKEPGI GWMTAFLFFT CFVGLLALVP LRKIMIIDYK LTYPSGTATA 201: VLINGFHTPK GNKMAKKQVF GFVKYFSFSF IWAFFQWFFS GGTECGFIQF PTFGLEALKN TFYFDFSMTY VGAGMICPHI VNISLLFGAV LSWGIMWPLI 301: KGLKGDWFPS TLPENSMKSL NGYKVFISIS LILGDGLYQF IKILFKTGIN MYVKLNNRNS GKSNSEKDKQ SIADLKRDEI FVRDSIPLWV AAVGYAAFSV 401: VSIIAIPIMF PELKWYFIVV AYMLAPSLGF SNAYGAGLTD MNMAYNYGKV ALFILAAMAG KQNGVVAGLV GCGLIKSIVS ISSDLMHDFK TGHLTLTSPR 501: SMLVSQAIGT AIGCVVAPLT FFLFYKAFDV GNQEGEYKAP YALVYRNMAI LGVEGFSALP QHCLQLCYGF FAFAVAANLV RDRLPDKIGN WVPLPMAMAV 601: PFLVGGYFAI DMCVGSLIVF AWNMRDRVKA GLMVPAVASG LICGDGLWIL PSSVLALAGV RPPICMGFMP SKYSS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)