AT5G49010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA replication protein-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar to the SLD5 component of GINS complex, which in other organism was shown to be involved in the initiation of DNA replication. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SYNTHETIC LETHALITY WITH DPB11-1 5 (SLD5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GINS complex (InterPro:IPR021151), GINS complex, subunit Sld5 (InterPro:IPR008591); Has 338 Blast hits to 337 proteins in 171 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 117; Fungi - 122; Plants - 54; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 45 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:19866464..19868074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25466.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 220 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASNSEAGGS ADYETLMSTS DVELLKRAWR NEKAAPEILQ YEGALVDRAK EQIELVEETI EDYVENGIDP LVVSLYQMDL DRAQFLLRSY LRVRLLKIEK 101: FMFHNLNSEE AERRLSEQEK VFATRCADDL AKHFEETVLL KLPENYQSVL KQSLISEVDD MVPQPHLDTF VVCRSKNFVS LNLYEEGESP ETVEMERGDL 201: YFIRYKIVKR AIESGQIDLI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)