AT5G48840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homolog of bacterial PANC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pantothenate synthetase that appears to be located in the cytosol. This protein is expected to play a role in pantothenate (vitamin B5) biosynthesis. Analysis of the catalytic properties of this enzyme indicate that it might be able to synthesize adequate amounts of pantothenate even in the presence of low levels of pantoate. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homolog of bacterial PANC (PANC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Pantoate-beta-alanine ligase (InterPro:IPR003721); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:19803823..19805041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34139.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 310 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPEVIRDKD SMRKWSRAMR SQGKTIGLVP TMGYLHEGHL SLVRQSLALT DVTVVSIYVN PGQFSPTEDL STYPSDFSGD LTKLAALSGG KVVVFNPKNL 101: YDYGGETKKI NDGGGNGGRV VSCVEEGGLG HETWIRVERL EKGFCGKSRP VFFRGVATIV TKLFNIVEPD VALFGKKDYQ QWRIIQRMVR DLNFGIEIVG 201: SDIAREKDGL AMSSRNVRLS DEERQRALSI SRSLAMAKAS VAEGKTNCAE LKDMIIQQVV GSAGRVDYVE IVDQETLEGV EEIKSGVVIC VAAWFGTVRL 301: IDNIEINVSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)