AT1G56345.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.585 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pseudouridine synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pseudouridine synthase family protein; FUNCTIONS IN: pseudouridine synthase activity; INVOLVED IN: pseudouridine synthesis, RNA modification; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pseudouridine synthase, catalytic domain (InterPro:IPR020103), Pseudouridine synthase, RsuA and RluB/C/D/E/F (InterPro:IPR006145), Pseudouridine synthase, RluC/RluD, conserved site (InterPro:IPR006224); Has 16985 Blast hits to 16836 proteins in 2654 species: Archae - 12; Bacteria - 12887; Metazoa - 225; Fungi - 200; Plants - 183; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3478 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21093409..21094454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35895.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLLRNFFSF TFSANSIITK PYFAIPIKAM EATSELNLNY PKPISAPPPP ISKDIELRRA MEASSKSSLF NLTRDDILYE DEYLMAVNKP KGVYCEAVLR 101: SAPQIVLDSS SEYHLANRLD RDTSGVMIIT KSHKVAAKLV KAFTEHKIRK SYIALCIGSS PNWRRVTVSS GHGRSKHGAW RVYAALDVGR VLPGGSFVRD 201: METTFEVVSV NSVKNESCEL EDVNHVIVAE GERELSCGGD DDDVVVVVRA FPRSGRTHQI RLHCQYLGIP IRGDVKYHGV YEWNGRTFEG HELHAECLSL 301: DHPVTGDSIV IRAPLPYWAA GD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)