AT2G25100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.841 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: ribonuclease H activity, RNA binding, catalytic activity, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA metabolic process; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonuclease H2, subunit A (InterPro:IPR004649), Ribonuclease HII/HIII (InterPro:IPR001352), Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold (InterPro:IPR012337); Has 5906 Blast hits to 5899 proteins in 2308 species: Archae - 263; Bacteria - 4202; Metazoa - 152; Fungi - 142; Plants - 56; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1088 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10679767..10681654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33079.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 296 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESECLTPEW ASQPCLMGID EAGRGPVLGP MVYGCMYCPI SYQSSLASLH FADSKTLKEE KREELYESLK LDKSLGWAVD VIDPRELSAK MLAKNKTNLN 101: EISHNSAMGL IKRVLDMGVL LTEAYLDTVG DPDKYRIKLS ERFPSIKFVV SKKADSLFPI VSGASIVAKV TRDRALKEWL VEETGEDINR NFGSGYPGDP 201: ETKAWLVQHK HSVFGFPSLV RFSWGTCTTH LKGEVEVAWE ADENEESGNG SSSKRQAKLS SFGFKTCEKR SEEIESSGKG RCKFLQARKI QQLTQF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)