AT5G56130.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.993 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a component of the putative Arabidopsis THO/TREX complex: THO1 or HPR1 (At5g09860), THO2 (At1g24706), THO3 or TEX1 (At5g56130), THO5 (At5g42920, At1g45233), THO6 (At2g19430), and THO7 (At5g16790, At3g02950). THO/TREX complexes in animals have been implicated in the transport of mRNA precursors. Mutants of THO3/TEX1, THO1, THO6 accumulate reduced amount of small interfering (si)RNA, suggesting a role of the putative Arabidopsis THO/TREX in siRNA biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TEX1; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), G-protein beta WD-40 repeat, region (InterPro:IPR020472), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: WD-40 repeat family protein (TAIR:AT5G67320.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:22722755..22725065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35376.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEETTIPFKS LHSREYQGHK KKVHSVAWNS NGTKLASGSV DQTARIWNIE PHGHSKAKDL ELKGHTDSVD QLCWDPKHSD LVATASGDKS VRLWDARSGK 101: CTQQVELSGE NINITYKPDG THVAVGNRDD ELTILDVRKF KPLHRRKFNY EVNEIAWNMP GDFFFLTTGL GTVEVLSYPS LKPLDTLTAH TAGCYCIAID 201: PKGRYFAVGS ADSLVSLWDI SDMLCLRTFT KLEWPVRTIS FNYSGEYIAS ASEDLFIDIA NVQTGRTVHQ IPCRAAMNSV EWNPKYNLLA YAGDDKNPKY 301: NTDEGVFRIF GFESS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)