AT4G39960.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Molecular chaperone Hsp40/DnaJ family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Molecular chaperone Hsp40/DnaJ family protein; FUNCTIONS IN: unfolded protein binding, heat shock protein binding, ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, response to heat; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), HSP40/DnaJ peptide-binding (InterPro:IPR008971), Chaperone DnaJ, C-terminal (InterPro:IPR002939), Heat shock protein DnaJ, N-terminal (InterPro:IPR001623), Heat shock protein DnaJ, conserved site (InterPro:IPR018253), Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain (InterPro:IPR001305), Chaperone DnaJ (InterPro:IPR012724), Heat shock protein DnaJ (InterPro:IPR003095); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DNAJ heat shock family protein (TAIR:AT2G22360.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:18534194..18536320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48034.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 447 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALIQFGSSC VAQWGILRPR FAVKAFYPSR LESHQDNCIS QINCLGASRS SMFAQGSLPF LSLTGVSPNT HSRRGARFTV RADTDFYSVL GVSKNATKAE 101: IKSAYRKLAR SYHPDVNKDA GAEDKFKEIS NAYEILSDDE KRSLYDRYGE AGVKGAGMGG MGDYSNPFDL FESLFEGMGG MGGMGGGMGS RGSRSRAIDG 201: EDEYYSLILN FKEAVFGIEK EIEISRLESC GTCNGSGAKA GTKPTKCKTC GGQGQVVAST RTPLGVFQQV MTCSPCNGTG EISKPCGACS GDGRVRRTKR 301: ISLKVPAGVD SGSRLRVRGE GNAGKRGGSP GDLFAVIEVI PDPVLKRDDT NILYTCKISY VDAILGTTLK VPTVDGEVDL KVPAGTQPST TLVMAKKGVP 401: VLNKSKMRGD QLVRVQVEIP KRLSKEEKML VEELADMSKN KVANSRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)