AT2G20690.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lumazine-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
A synthetic gene encoding the catalytic domain of the Arabidopsis thaliana gene At2g20690 was recombinant expressed in E. coli demonstrating the molecular function of riboflavin synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lumazine-binding family protein; FUNCTIONS IN: binding, riboflavin synthase activity; INVOLVED IN: riboflavin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Riboflavin synthase-like beta-barrel (InterPro:IPR017938), Lumazine-binding protein (InterPro:IPR001783); Has 6777 Blast hits to 6682 proteins in 2207 species: Archae - 44; Bacteria - 4232; Metazoa - 1; Fungi - 143; Plants - 41; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2316 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8923342..8924621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29641.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 271 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMAARTHCIN LIPKVCLPQS FRTGESVTNL RFDCVSKSSK LSLKTSCGRS RTHHRRQNLS IRSVFTGIVE EMGEVKDLGM ADHGGFDLKI GARVVLEDVK 101: LGDSIAVNGT CLTVTEFNAE EFTVGLAPET LRKTSLEELK KGSPVNLERA LQPVSRMGGH VVQGHVDGTG VIESMEVEGD SLWVKVKADK GLLKYIVPKG 201: FVAVDGTSLT VVDVFDEESC FNFMMIAYTQ QNVVIPTKKI GQKVNLEVDI MGKYVERLLT SGGFSKGKEN I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)