AT5G42130.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Mitochondrial substrate carrier family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Mitochondrial substrate carrier family protein; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: transport, mitochondrial transport, transmembrane transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial substrate carrier (InterPro:IPR001993), Mitochondrial substrate/solute carrier (InterPro:IPR018108); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-adenosylmethionine carrier 2 (TAIR:AT1G34065.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16835572..16836810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44363.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 412 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEARLSETLG LPSPNLNHCH FPNEFNSLFT HFSDLTSVQS PIVRNPKLKT KSSQKPPKFS ANFRRSDPPF ASTSISDPTH EKPGPEFLKW IKPASRSSPR 101: IQTLIKQLSV WERAIIGAGA GGLAGAFTYV TLLPLDAIKT KLQTKGASQV YSNTFDAIVK TFQAKGILGF YSGVSAVIVG STFSSAVYFG TCEFGKSLLS 201: KFPDFPTVLI PPTAGAMGNI ISSAIMVPKE LITQRMQAGA SGRSYQVLLK ILEKDGILGL YAGYSATLLR NLPAGVLSYS SFEYLKAAVL EKTKQSHLEP 301: LQSVCCGALA GAISASITTP LDVVKTRLMT QIHVEAVDKL GGAMYTGVAG TVKQILTEEG WVGFTRGMGP RVVHSACFSA IGYFAFETAR LTILNEYLKR 401: KEESEANVAA DS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)