AT5G41760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-sugar transporter family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotide-sugar transporter family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide-sugar transmembrane transporter activity, CMP-sialic acid transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: carbohydrate transport, nucleotide-sugar transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, Golgi membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleotide-sugar transporter (InterPro:IPR007271), UDP/CMP-sugar transporter (InterPro:IPR021189), UDP-galactose transporter (InterPro:IPR004689); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-sugar transporter family protein (TAIR:AT4G35335.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16706978..16709204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38214.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 340 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATPWYFVA VLLTILTSSQ GILTTLSQSD GGYKYDYATV PFLAEVFKLI ISGLFLWREM RTSSSTTSRI TTDWKSVRLF VIPSLIYLIH NNVQFATLTY 101: VDTSTYQIMG NLKIVTTGIL FRLFLKRKLS KLQWMAIGLL AVGTTTSQVK GCGEASCDSL FTAPIQGYLL GILSAGLSAL AGIYTEFLMK RNNDTLYWQN 201: LQLYTFGSLF NVARLIADDF RHGFEKGPWW QRIFDGYSIT TWLVVLNLGS TGLLVSWLMK YADNIVKVYS TSMAMLLTMV ASIYLFSFKP TLQLFLGIVI 301: CIMSLHMYFA PPHTLVDLPV TNEAHAKTLK QVVVEEKTDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)