AT5G43710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Glycosyl hydrolase family 47 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Glycosyl hydrolase family 47 protein; FUNCTIONS IN: mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity, alpha-mannosidase activity, calcium ion binding; INVOLVED IN: protein amino acid N-linked glycosylation; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 47 (InterPro:IPR001382); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycosyl hydrolase family 47 protein (TAIR:AT1G27520.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:17552252..17556523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70099.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 624 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSNFKWLLF AILISLTFSG FVLHHGVLAE SVKPDEAKQL RDEVRGMFYH AFDGYMNNAF PLDELRPLSC QGEDTLGGYA LTLIDSLDTL ALLGDRERFT 101: SSVEWIGKNL QFNINKTVSV FETTIRVLGG LLSAHLIASD YATGMRIPSY NNELLVLAEN LARRMLPAFD TPTGIPFGSV NLMYGVDKHE SKITSTAGGG 201: TLSLEFGVLS RLTNDPVFEQ VAKNAVRGLW ARRSNLDLVG AHINVFTGEW TQKDAGIGTS IDSFYEYLLK AYILFGDEEY LYIFQEAYRS AMQYLHKDPW 301: YVEVNMDSAA IVWPVFNSLQ AFWPGLQVLA GDVDPAIRTH TAFFSVWKRY GFTPEGFNLA TLSVQYGQKS YPLRPELIES TYWLYKATRD PRYLDAGRDF 401: VASLQYGAKC PCGYCHITDV ELHKQEDHME SFFLAETVKY LWLLFDLAVD SDNLVDNGPY KYIFSTEGHL LPITPQISLA REHCSYFGGY CPSNSTKLEQ 501: EVLGEDSSND DHSNDYPYHE SFPVTGLIKG LCPGLTHAQK YGFSYVLPEK TDREDVNQPK PVVTSSSIVL ISDQTVEKRP QEEEGFTSQS EPIMTISGGS 601: SNDQTGQELT LLESETDDQR SYSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)