AT1G76400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribophorin I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribophorin I; FUNCTIONS IN: oligosaccharyl transferase activity, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity; INVOLVED IN: protein amino acid glycosylation; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribophorin I (InterPro:IPR007676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribophorin I (TAIR:AT2G01720.1); Has 398 Blast hits to 398 proteins in 180 species: Archae - 2; Bacteria - 2; Metazoa - 149; Fungi - 127; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 55 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28658713..28661672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68645.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 614 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKQSSVVDLL LLLLAIALLA TPAFSDLVLS KVERRIDVTS QIARVTKTLK VVNSGSESVS EFALTFPKFL GNNLAYLSVA PSEGKGKSKR TLVNLSVREA 101: DQKGLPDSIS VYSVALPKPL SKGDTLTLEV VAAFTNVLQP FPEKITQGEI HLVMLQESAQ YLSPYAVESQ SLSIKLPNAR IESYTKFENT KLQGSELKYG 201: PYKNLQSYSY SPIVVHFESK AAFAVAEKLV REIEVSHWGN VQVTENYNVV HRGAQLKGEF SRLDFQARPN PRGASAFRHL LARLPPRAHS IYYRDDIGNI 301: STSEMKSDSK KTELLIEPRF PLFGGWKTFF TIGYGLPLTD FLFASEGKRF LNISFGSPIL DLVTEKLIVQ VVLPEGSKDI SVTTPFAVKQ SQEIKYSHLD 401: IAGRPVVVLE KNNVVPDHNQ HIQVYYKFSN INLLSEPLML ISGFFILFIT CIIYTRADIS ISKSSPSYLA KLQWDEVLAT LQEVQSIVQK CLATHDKLEA 501: SLRDLSRTGD IQTCKAARKS TDSLLKDLSK ELKPLLGFLQ SFPSASHISP KVEELVVKEK ELQEKLMAKH TTVVEGYEKK SSGRDIENRI ASQQQKIIAL 601: RQEIEDLLEF IDEI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)