AT1G08750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase C13 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase C13 family; FUNCTIONS IN: GPI-anchor transamidase activity, cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C13, legumain (InterPro:IPR001096); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alpha-vacuolar processing enzyme (TAIR:AT2G25940.1); Has 779 Blast hits to 778 proteins in 243 species: Archae - 4; Bacteria - 12; Metazoa - 279; Fungi - 120; Plants - 231; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 133 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:2801283..2804392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44545.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKILTLVMLL CYSFVSSTGD TTIHTNNWAV LVCTSRFWFN YRHMANTLSL YRTVKRLGIP DERIILMLAD DMACNARNEY PAQVFNNENH KLNLYGDNVE 101: VDYRGYEVTV ENFLRVLTGR HENAVPRSKR LLSDEGSHIL LYMTGHGGDE FLKFQDAEEL QSHDLADAVK QMKEKRRFKE LMIMVDTCQA ATLFNQLQSP 201: GVLAIGSSLK GENSYSHHLD SDIGVSVVDR FTYYTLAFFE RLNIYDNASL NSLFRSYDPR LLMSTAYYRT DLYQPHLVEV PVTNFFGSVM ETIHTDSAYK 301: AFSSKISERK INSEMPFNQL SEHDLKEELE NTNIPNDELI AEKQKCPYSQ MRADLHEKVE KLENVDTVVN LSIAVMVLAV MVSSSLLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)