AT5G25475.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AP2/B3-like transcriptional factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AP2/B3-like transcriptional factor family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcriptional factor B3 (InterPro:IPR003340); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AP2/B3-like transcriptional factor family protein (TAIR:AT5G25470.2); Has 122 Blast hits to 121 proteins in 5 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 122; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8867920..8869492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32293.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 282 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLPKNAIEKI QANVSKPCFW KSLSPGQTWK SKSMRIIPED FVRRTRGAFE HRVVFSVRWE NSWQLWLERE KNELFMIEED WNEFVDDNHL GPNDNLFIKH 101: DETMNLEVQI FKNNGVEIID VPLGVEPETE PFHPTPKKPH KETTPASSFA SGSGCSANGG TNGRGKQRSS DVKNPERYLL NPENPYFVQA VTKRNDVLYV 201: SRPVVQSYRL KFGPVKSTIT YLLPGEKKEE GENRIYNGKP CFSGWSVLCR RHNLNIGDSV VCELERSGGV VTAVRVHFVK KD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)