AT4G39550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT5G49000.2); Has 3208 Blast hits to 2568 proteins in 139 species: Archae - 6; Bacteria - 164; Metazoa - 1656; Fungi - 7; Plants - 1275; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:18380681..18381859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44271.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 392 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSPEKKRKT TKKPSPTPQS TTPNPSLPDD LVVSCLARVS RLYYPTLSLV SKSFRSLIAS PDLYKTRSLL GRTESCLYVC LQEKDSDPNP RWFTLCLKPN 101: RTLTNDITEK KKKKKKKKKM SSGYVLAAIP VLHSRPAYWS GLVAVGSNIY NIGGPIDKAH SSIVSVLDCQ SHTWHEGPGM RVERRYPAAN VVEGKIYVTG 201: GCKDCSNSSN WMEVFDPRTQ TWESVSSPGA EIGGCSIHKS AVVEGEILIA NSHGLIYKPK EGRWERMKWD MDIGWVWYSY CVVENVLYYY YKGVFKWYDT 301: MARLWRDLKG VKGLPRFARC GGKMADYGGK MAVFWDKIVT SDDGCKNKMI LCAVIALERR NSEEIWGKVE WHDAVLTVPL SYEVVYALSP TV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)