AT5G18840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.559 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT2G48020.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6282954..6286399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51995.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 482 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIREIKDVE RGEIVNKVED LGKPFLTHED DEKESENNES YLMVLFSTFV AVCGSFEFGS CVGYSAPTQS SIRQDLNLSL AEFSMFGSIL TIGAMLGAVM 101: SGKISDFSGR KGAMRTSACF CITGWLAVFF TKGALLLDVG RFFTGYGIGV FSYVVPVYIA EISPKNLRGG LTTLNQLMIV IGSSVSFLIG SLISWKTLAL 201: TGLAPCIVLL FGLCFIPESP RWLAKAGHEK EFRVALQKLR GKDADITNEA DGIQVSIQAL EILPKARIQD LVSKKYGRSV IIGVSLMVFQ QFVGINGIGF 301: YASETFVKAG FTSGKLGTIA IACVQVPITV LGTILIDKSG RRPLIMISAG GIFLGCILTG TSFLLKGQSL LLEWVPSLAV GGVLIYVAAF SIGMGPVPWV 401: IMSEIFPINV KGIAGSLVVL VNWSGAWAVS YTFNFLMSWS SPGTFYLYSA FAAATIIFVA KMVPETKGKT LEEIQACIRR ET |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)