AT3G57520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : seed imbibition 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
seed imbibition 2 (SIP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Raffinose synthase (InterPro:IPR008811); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: seed imbibition 1 (TAIR:AT1G55740.1); Has 528 Blast hits to 504 proteins in 147 species: Archae - 29; Bacteria - 95; Metazoa - 0; Fungi - 82; Plants - 312; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21288982..21292694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85148.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 773 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTITSNISVQ NDNLVVQGKT ILTKIPDNII LTPVTGNGFV SGSFIGATFE QSKSLHVFPI GVLEGLRFMC CFRFKLWWMT QRMGSCGKDI PLETQFMLLE 101: SKDEVEGNGD DAPTVYTVFL PLLEGQFRAV LQGNEKNEIE ICFESGDKAV ETSQGTHLVY VHAGTNPFEV IRQSVKAVER HMQTFHHREK KKLPSFLDWF 201: GWCTWDAFYT DVTAEGVDEG LKSLSEGGTP PKFLIIDDGW QQIENKEKDE NCVVQEGAQF ATRLVGIKEN AKFQKSDQKD TQVSGLKSVV DNAKQRHNVK 301: QVYAWHALAG YWGGVKPAAS GMEHYDSALA YPVQSPGVLG NQPDIVMDSL AVHGLGLVNP KKVFNFYNEL HSYLASCGID GVKVDVQNII ETLGAGLGGR 401: VSLTRSYQQA LEASIARNFT DNGCISCMCH NTDGLYSAKQ TAIVRASDDF YPRDPASHTI HIASVAYNSL FLGEFMQPDW DMFHSLHPTA EYHAAARAVG 501: GCAIYVSDKP GNHNFDLLRK LVLPDGSVLR AKLPGRPTRD CLFADPARDG ISLLKIWNMN KFTGIVGVFN CQGAGWCKET KKNQIHDTSP GTLTGSIRAD 601: DADLISQVAG EDWSGDSIVY AYRSGEVVRL PKGASIPLTL KVLEYELFHI SPLKEITENI SFAPIGLVDM FNSSGAIESI DINHVTDKNP EFFDGEISSA 701: SPALSDNRSP TALVSVSVRG CGRFGAYSSQ RPLKCAVEST ETDFTYDAEV GLVTLNLPVT REEMFRWHVE ILV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)