AT3G20110.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.991 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome P450, family 705, subfamily A, polypeptide 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of CYP705A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome P450, family 705, subfamily A, polypeptide 20 (CYP705A20); FUNCTIONS IN: electron carrier activity, monooxygenase activity, iron ion binding, oxygen binding, heme binding; INVOLVED IN: oxidation reduction; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome P450, family 705, subfamily A, polypeptide 19 (TAIR:AT3G20100.1); Has 35155 Blast hits to 34985 proteins in 1775 species: Archae - 57; Bacteria - 5353; Metazoa - 11481; Fungi - 7177; Plants - 9434; Viruses - 6; Other Eukaryotes - 1647 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7021495..7023113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58052.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 510 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLTVDSQHCF SFILLCFFSL LCYSLLFKKL KDSHVGRDLL QSPPSLPIIG HLHHLLSSLA HKSLQQLSSK YGPLLHLSIF NFPVVLVSSA SVAYEIFKAH 101: DLNISSRDNP PINESLLVGS SVFVGAPYGD YWKFMKKLLV TKLLGPQALE RSRSIRADEL ERFYRSLLDK AMKKESVEIG KEATKLSINS ICRMSMGRSF 201: SEESGEAERV RGLVTELDGL TKKVLLVNIL RWPLEKLRIS LFKKEIMYVS NSFDELLERI IVEREKKPNE HQGTYLMDVL LEAYEDEKAE HKITRNHIKS 301: LFVELLLGGT DTSAQTIQWT MAELINNRNV LKRLREEIDS VVGETRLIQE KDLPKLPYLQ SVVKEGLRLH PPLPLMVRTF QRSCEMKGFY IAEKTTLVVN 401: AYAVMRDPTT WEDPDEFKPE RFLRQEEERR ALKHIAFGSG RRGCPGSNLA TIFIGTAIGT MVQCFDLSIK GDKVKMDEVG GLNLTMAHPL ECILVPRTQP 501: FISNQQIPSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)