AT5G12850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain (TAIR:AT2G41900.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4057068..4059188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77779.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 706 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCGLAKKLDI EDTLTSLSDQ ENESLAKPMN DAAEWEHSFS ALLEFAADND VEGFRRQLSD VSCINQMGLW YRRQRFVRRM VLEQRTPLMV ASLYGSLDVV 101: KFILSFPEAE LNLSCGPDKS TALHCAASGA SVNSLDVVKL LLSVGADPNI PDAHGNRPVD VLVVSPHAPG LRTILEEILK KDEIISEDLH ASSSSLGSSF 201: RSLSSSPDNG SSLLSLDSVS SPTKPHGTDV TFASEKKEYP IDPSLPDIKS GIYSTDEFRM FSFKIRPCSR AYSHDWTECP FAHPGENARR RDPRKFHYTC 301: VPCPDFKKGS CKQGDMCEYA HGVFECWLHP AQYRTRLCKD GMGCNRRVCF FAHANEELRP LYPSTGSGLP SPRASSAVSA STMDMASVLN MLPGSPSAAQ 401: HSFTPPISPS GNGSMPHSSM GWPQQNIPAL NLPGSNIQLS RLRSSLNARD IPSEQLSMLH EFEMQRQLAG DMHSPRFMNH SARPKTLNPS NLEELFSAEV 501: ASPRFSDQLA VSSVLSPSHK SALLNQLQNN KQSMLSPIKT NLMSSPKNVE QHSLLQQASS PRGGEPISPM NARMKQQLHS RSLSSRDFGS SLPRDLMPTD 601: SGSPLSPWSS WDQTHGSKVD WSVQSDELGR LRKSHSLANN PNREADVSWA QQMLKDSSSP RNGNRVVNMN GARPLTQGGS SVNPHNSDTR ESDILDAWLE 701: QLHLDR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)