AT5G12080.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.500 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : mechanosensitive channel of small conductance-like 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mechanosensitive channel of small conductance-like 10 (MSL10); FUNCTIONS IN: mechanically-gated ion channel activity; INVOLVED IN: detection of mechanical stimulus; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Membrane protein, At2g17000, predicted (InterPro:IPR016688), Mechanosensitive ion channel MscS (InterPro:IPR006685), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM)-related domain (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mechanosensitive channel of small conductance-like 9 (TAIR:AT5G19520.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3898182..3900923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83036.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 734 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEQKSSNGG GGGGDVVINV PVEEASRRSK EMASPESEKG VPFSKSPSPE ISKLVGSPNK PPRAPNQNNV GLTQRKSFAR SVYSKPKSRF VDPSCPVDTS 101: ILEEEVREQL GAGFSFSRAS PNNKSNRSVG SPAPVTPSKV VVEKDEDEEI YKKVKLNREM RSKISTLALI ESAFFVVILS ALVASLTINV LKHHTFWGLE 201: VWKWCVLVMV IFSGMLVTNW FMRLIVFLIE TNFLLRRKVL YFVHGLKKSV QVFIWLCLIL VAWILLFNHD VKRSPAATKV LKCITRTLIS ILTGAFFWLV 301: KTLLLKILAA NFNVNNFFDR IQDSVFHQYV LQTLSGLPLM EEAERVGREP STGHLSFATV VKKGTVKEKK VIDMGKVHKM KREKVSAWTM RVLMEAVRTS 401: GLSTISDTLD ETAYGEGKEQ ADREITSEME ALAAAYHVFR NVAQPFFNYI EEEDLLRFMI KEEVDLVFPL FDGAAETGRI TRKAFTEWVV KVYTSRRALA 501: HSLNDTKTAV KQLNKLVTAI LMVVTVVIWL LLLEVATTKV LLFFSTQLVA LAFIIGSTCK NLFESIVFVF VMHPYDVGDR CVVDGVAMLV EEMNLLTTVF 601: LKLNNEKVYY PNAVLATKPI SNYFRSPNMG ETVEFSISFS TPVSKIAHLK ERIAEYLEQN PQHWAPVHSV VVKEIENMNK LKMALYSDHT ITFQENRERN 701: LRRTELSLAI KRMLEDLHID YTLLPQDINL TKKN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)