AT5G12040.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, zinc ion binding; INVOLVED IN: nitrogen compound metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase (InterPro:IPR003010); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nitrilase/cyanide hydratase and apolipoprotein N-acyltransferase family protein (TAIR:AT4G08790.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3885162..3887772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40332.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 369 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSAISSSLF FNSKNLLNPN PLSRFISLKS NFLPKLSPRS ITSHTLKLPS SSTSALRSIS SSMASSFNPE QARVPSALPL PAPPLTKFNI GLCQLSVTSD 101: KKRNISHAKK AIEEAASKGA KLVLLPEIWN SPYSNDSFPV YAEEIDAGGD ASPSTAMLSE VSKRLKITII GGSIPERVGD RLYNTCCVFG SDGELKAKHR 201: KIHLFDIDIP GKITFMESKT LTAGETPTIV DTDVGRIGIG ICYDIRFQEL AMIYAARGAH LLCYPGAFNM TTGPLHWELL QRARATDNQL YVATCSPARD 301: SGAGYTAWGH STLVGPFGEV LATTEHEEAI IIAEIDYSIL EQRRTSLPLN RQRRGDLYQL VDVQRLDSK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)