AT4G02980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : endoplasmic reticulum auxin binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Auxin binding protein involved in cell elongation and cell division. ABP1 is ubiquitinated in vitro and in planta by AtRma2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
endoplasmic reticulum auxin binding protein 1 (ABP1); FUNCTIONS IN: auxin binding; INVOLVED IN: positive regulation of cell division, positive regulation of cell size, unidimensional cell growth, positive regulation of DNA endoreduplication, cytokinesis; LOCATED IN: endomembrane system, endoplasmic reticulum lumen; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin-binding protein (InterPro:IPR000526), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); Has 186 Blast hits to 186 proteins in 64 species: Archae - 10; Bacteria - 50; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 107; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:1319902..1321449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22045.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 198 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIVLSVGSAS SSPIVVVFSV ALLLFYFSET SLGAPCPING LPIVRNISDL PQDNYGRPGL SHMTVAGSVL HGMKEVEIWL QTFAPGSETP IHRHSCEEVF 101: VVLKGSGTLY LAETHGNFPG KPIEFPIFAN STIHIPINDA HQVKNTGHED LQVLVIISRP PIKIFIYEDW FMPHTAARLK FPYYWDEQCI QESQKDEL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)