AT2G25950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proteasome-interacting thioredoxin-like domain, C-terminal (InterPro:IPR010400); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1000) (TAIR:AT3G04780.1); Has 551 Blast hits to 551 proteins in 191 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 233; Fungi - 139; Plants - 82; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 97 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11068735..11070524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22690.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSCTHDHNCE DHECSSDWSL YKHIDLSKVS ALNESVSGSA KSVFKAWEQR LHSSGEHLES NEGDPELLVF VPFTSDVKIK SISIVGGPEG TSPSKLRVFI 101: NREGIDFSDA ESMQAVQEWE LAENLQGVLE YQTRYSKFQS VGNITLHFPE SFGGDTTQIR YIGFKGEATQ LKRDVVATIV YEIRPNPSDH KTKAETGGGF 201: SQVE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)