AT2G39900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.789 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GATA type zinc finger transcription factor family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GATA type zinc finger transcription factor family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, LIM-type (InterPro:IPR001781), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GATA type zinc finger transcription factor family protein (TAIR:AT3G55770.5); Has 4468 Blast hits to 3092 proteins in 184 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3526; Fungi - 76; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 335 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16659136..16660267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21902.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 200 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSFTGTQQKC RACEKTVYPV ELLSADGISY HKACFKCSHC KSRLQLSNYS SMEGVVYCRP HFEQLFKESG SFSKNFQSPA KPLTDKPTPE LNRTPSRLAG 101: MFSGTQDKCA TCTKTVYPIE KVTVESQCYH KSCFKCSHGG CPISPSNYAA LEGILYCKHH FAQLFKEKGS YNHLIKSASI KRATAAATAA AAAVAAVPES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)