AT1G79500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase-type TIM barrel family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase (KDOP synthase) activity which is involved in the biosynthesis of KDO, a component of cell wall rhamnogalacturonan II. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AtkdsA1; FUNCTIONS IN: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity; INVOLVED IN: metabolic process, rhamnogalacturonan II biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DAHP synthetase I/KDSA (InterPro:IPR006218), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase (InterPro:IPR006269); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase superfamily protein (TAIR:AT1G16340.3); Has 7925 Blast hits to 7923 proteins in 2056 species: Archae - 64; Bacteria - 5004; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2795 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29903604..29905989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31658.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 290 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATSLLYNQ LKAAEPFFLL AGPNVIESEE HILRMAKHIK DISTKVGLPL VFKSSFDKAN RTSSKSFRGP GMAEGLKILE KVKVAYDLPI VTDVHESSQC 101: EAVGKVADII QIPAFLCRQT DLLVAAAQTG KIINIKKGQF CAPSVMENSA EKIRLAGNPN VMVCERGTMF GYNDLIVDPR NFEWMREANC PVVADITHSL 201: QQPAGKKLDG GGVASGGLRE LIPCIARTAV AVGVDGIFME VHDDPLSAPV DGPTQWPLRH LEELLEELIA IARVTKGKQR LQIDLTPYRD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)