AT1G16340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Aldolase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with putative 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase activity. This gene share a very high sequence homology with its homologue AtkdsA1 (AT1G79500). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATKDSA2; FUNCTIONS IN: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity; INVOLVED IN: metabolic process, rhamnogalacturonan II biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, cytoplasm; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DAHP synthetase I/KDSA (InterPro:IPR006218), Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase (InterPro:IPR006269); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aldolase-type TIM barrel family protein (TAIR:AT1G79500.4); Has 7899 Blast hits to 7897 proteins in 2055 species: Archae - 64; Bacteria - 4967; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2806 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:5588123..5590469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31677.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANSASLLYD QLKVAEPFFL LAGPNVIESE EHVLRMAKSI KDISTKLGLP LVFKSSFDKA NRTSSKSFRG PGMAEGLKIL EKVKVAFDLP IVTDVHESSQ 101: CEAVGKVADI IQIPAFLCRQ TDLLVAAAQS GKIINIKKGQ FCGHSVMRNS AEKVRLAGNP NVMVCERGTM FGYNDLIVDP RNLEWMREAD CPVVADITHS 201: LQQPAGKKLD GGGVASGGLR ELIPCIARTA VAVGVDGIFM EVHDDPLNAP VDGPTQWPLR HLEELLEELI AIASVTKGKQ QFQIDLTPYR D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)