AT2G05630.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
in the Arabidopsis autophagy pathway | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATG8D; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Light chain 3 (LC3) (InterPro:IPR004241); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-like superfamily protein (TAIR:AT1G62040.2); Has 1524 Blast hits to 1522 proteins in 273 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 726; Fungi - 178; Plants - 302; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 315 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:2083211..2084775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 13907.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 120 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAISSFKHEH PLEKRQAEAA RIREKYPDRI PVIVERAEKS DVPDIDRKKY LVPADLTVGQ FVYVVRKRIK LSPEKAIFIF VKNILPPTAA IMSAIYEEHK 101: DEDGFLYMSY SGENTFGIFF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)