AT2G38550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transmembrane proteins 14C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Transmembrane proteins 14C; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid, chloroplast inner membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0136, Transmembrane (InterPro:IPR005349); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transmembrane proteins 14C (TAIR:AT3G57280.1); Has 138 Blast hits to 137 proteins in 31 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 2; Fungi - 5; Plants - 115; Viruses - 7; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16132178..16134229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36703.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 335 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSIPMELMS IRNPNSTLLY RAHSRPPVKL CAPPRSLLPS RRHFSAPRAV VSYPGIRFGF TSPEVLLNRS VVAFAASHED SGESGVEVGK EKSDIDVEDD 101: TSKEAWKQTL ESFKEQVSKM QSVSSEAYSV NSQKAMTVLK ETSEQLRIQA EKAKEELGTK AKVVSEEGRE YILKAAEESP SDVKEIVEAF ASTEDLKNVS 201: RANDFHVGIP YGLLLLVGGF INFMVSGSIP AIRFGVILGG ALFALSLASL KSHRKGESST KFLKGQMAIV AIIFLRELRL LLSQKSTFLG FFTTLTSGGV 301: LGFYLYKMVV KREKGPTLED GGEDESSDGF VRSEG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)