AT3G06050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxiredoxin IIF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a mitochondrial matrix localized peroxiredoxin involved in redox homeostasis. Knockout mutants have reduced root growth under certain oxidative stress conditions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxiredoxin IIF (PRXIIF); FUNCTIONS IN: peroxidase activity, antioxidant activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress, response to cadmium ion; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial matrix; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 17 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thioredoxin fold (InterPro:IPR012335), Thioredoxin-like (InterPro:IPR017936), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336), Redoxin (InterPro:IPR013740); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thioredoxin superfamily protein (TAIR:AT1G60740.1); Has 3925 Blast hits to 3925 proteins in 881 species: Archae - 6; Bacteria - 1549; Metazoa - 168; Fungi - 305; Plants - 221; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1676 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1826311..1827809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21446.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 201 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMSILKLRN LSALRSAANS ARIGVSSRGF SKLAEGTDIT SAAPGVSLQK ARSWDEGVSS KFSTTPLSDI FKGKKVVIFG LPGAYTGVCS QQHVPSYKSH 101: IDKFKAKGID SVICVSVNDP FAINGWAEKL GAKDAIEFYG DFDGKFHKSL GLDKDLSAAL LGPRSERWSA YVEDGKVKAV NVEEAPSDFK VTGAEVILGQ 201: I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)