AT5G09800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARM repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: response to chitin; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 10 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, LP.06 six leaves visible, M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CYS, MET, PRO, and GLY protein 2 (TAIR:AT5G64660.1); Has 1911 Blast hits to 1878 proteins in 97 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 84; Fungi - 4; Plants - 1697; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3043123..3044352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45777.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSDDLYITT VPCFFKCPIS LDVMKSPVSL STGVTYDRVS IQRWLDDGNN TCPATMQILQ NKEFVPNLTL HRLIDHWSDS INRRADSESP ESDTPTRDEI 101: NAAIERFRIE NDARSKILRF ARESDENREF LAGKDDFVAM LVDLISDSRN FSDSQLLLVG EAVKILSMIR RKIFDRRRLS NLILTNGGDC LTSFFLLIKR 201: GNPKLKIDCS AVLEFIAVDA ESKLIIAKGE GLVTEIIKLI SSDSDSSLIE ANLSLLIAIA SSKRVKLALI REKLVTKLTS LLTDPTTSVS VTEKCLKLLE 301: AISSCKEGRS EICDGVCVET VVNKLMKVST AATEHAVTVL WSVCYLFKEK KAQDAVIRIN GVTKILLLLQ SNCSLTVRHM LTDLLKVFKV NSRSCLSVYE 401: TKTTHIMPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)